• Negli anni Duemila Mario Padovan si dedica intensamente alla ricerca sulle successioni numeriche infinite, sui processi cerebrali, sul mistero estetico della sezione aurea di Fidia, sugli angeli come messaggeri di Dio, sul significato artistico del DNA, sulle grandi religioni monoteiste e su altri argomenti ancora. I  risultati delle ricerche si traducono puntualmente in nuovi cicli artistici nei quali le espressioni concettuali e geometriche si combinano con citazioni dell'arte classica.

• Nel 2000 partecipa a Roma, presso l'ex-mattatoio di Testaccio, alla mostra "Immagine d'Impegno - Impegno d'Immagine". Lo stesso anno è invitato alla mostra "Le Ali di Dio - Messaggeri e guerrieri alati tra Oriente e Occidente", che si tiene presso il Castello Svevo di Bari e poi presso l'Abbayes-Aux-Dames di Caen (Francia).

• Nell'ottobre-novembre 2000 tiene a Roma, presso il Museo Nazionale di Castel Sant’Angelo, la mostra dal titolo "L'Angelo Custode e gli Angeli di Castel Sant'Angelo", con testi di Flavio Caroli, Domenico Guzzi, Ludovico Pratesi, Mario Lunetta. Alcune delle nuove operee proposte a Castel Sant'Angelo sono esposte nel 1999 lla 48^a Biennale di Venezia, alla quale l'artista partecipa come invitato.

• Nel 2001 è premiato alla Mostra Internazionale d'Arte del Cairo (Egitto).

• Nel 2002 partecipa alla mostra "36 artisti per Cleopatra", che si tiene presso l'Accademia d'Egitto di Roma. La stessa mostra è replicata nel 2003 presso la Biblioteca di Alessandria d'Egitto.

• Nel 2008 tiene ad Amsterdam, presso l’Istituto Italiano di Cultura, la mostra personale di pittura “Een wandeling door. Rome met Bernini, Michelangelo en Leonardo”.
  

Liber Quadratorum, studio delle opere di Leonardo Fibonacci, 2005.

• Negli anni più recenti Padovan continua a sviluppare lavori originali nel campo della ricerca artistica. Le ricerche più recenti  sono descritte in cinque documenti testuali e visivi che hanno come argomenti “Omaggio ad Albert Einstein”, “Il mio interesse per i numeri”, “Scienza, Arte e Vita: la mia ricerca del DNA Universale", “I numeri di Fibonacci e la sezione aurea di Fidia”, “L’arte, la linea e la tecnologia” e infine "Ricerca sulle religioni".